Современная сеть Muni Metro – метрополитена Сан-Франциско состоит из семи веток. Каждая из них маркируется на схеме собственным цветом и имеет свое буквенное обозначение. Тоннель под Маркет-стрит служит главным узлом метро Сан-Франциско. Через него проходят поезда шести веток метрополитена города. Отличающаяся от других наземная линия F идет по поверхности улицы Маркет. Оранжевая J, голубая K, пурпурная L, зеленая M и синяя N ветки походят по тоннелю и имеют совмещенные участки движения. Они берут начало на юго-западе и в западной части города, а их станции, как правило, располагаются на самых оживленных городских перекрестках.
В 2006 году открылась новая линия метро Сан-Франциско, соединившая центр с промышленными районами.

Пять дней в неделю система городского транспорта Muni Metro начинает работать с пяти часов утра и закрывается в час ночи. В выходные дни станции открываются в семь часов в субботу и в восемь – в воскресенье.

Оплатить проезд в метро Сан-Франциско можно, купив билет в автомате на наземных станциях или у водителя, войдя в вагон через переднюю дверь. Способ оплаты зависит от станции, на которой пассажир заходит в трамвай. Билеты на метро Сан-Франциско действительны и на проезд в автобусах системы Muni Metro.